Τον Κανονισμό των Προγραμμάτων Μεταπτυχιακών και Διδακτορικών σπουδών του Ελληνικού Ανοικτού Πανεπιστημίου ενέκρινε η Σύγκλητος του Ιδρύματος.
Σύμφωνα με τον Κανονισμό, η ίδρυση Προγραμμάτων Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) περιλαμβάνεται στο πολυετές αναπτυξιακό σχέδιο κάθε Σχολής του Ελληνικού Ανοικτού Πανεπιστημίου (ΕΑΠ) και εντάσσεται στον στρατηγικό σχεδιασμό
του Πανεπιστημίου.
Τα Προγράμματα αποσκοπούν στην προαγωγή της γνώσης, στην ανάπτυξη της έρευνας και στην ικανοποίηση των εκπαιδευτικών, ερευνητικών και αναπτυξιακών αναγκών της χώρας. Τα Π.Μ.Σ. διέπονται από επιστημονική συνοχή, έχουν αντικείμενο συγγενές προς τα επιστημονικά πεδία της Σχολής που τα οργανώνει και πληρούν τις προϋποθέσεις που εγγυώνται υψηλό επίπεδο σπουδών.
Οι Σχολές, που παρέχουν σπουδές πρώτου κύκλου, μπορούν να οργανώνουν και να λειτουργούν:
α) Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών.
β) Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών μεταξύ δύο Σχολών του Ε.Α.Π.
γ) Διιδρυματικά Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών, σε συνεργασία με Τμήματα άλλων Α.Ε.Ι., με Ανώτατα Στρατιωτικά Εκπαιδευτικά Ιδρύματα, Ανώτατες Εκκλησιαστικές Ακαδημίες, ερευνητικούς και τεχνολογικούς φορείς του άρθρου 13Α του ν. 4310/2014 (Α’ 258), Ερευνητικά Πανεπιστημιακά Ινστιτούτα, την Ακαδημία
Αθηνών, το Ίδρυμα Ιατροβιολογικών Ερευνών της Ακαδημίας Αθηνών, τη Σχολή Εθνικής Άμυνας, την Ανώτατη Διακλαδική Σχολή Πολέμου, τις Σχολές Μεταπτυχιακής Τεχνικής Εξειδίκευσης, ιδρύματα και ερευνητικούς οργανισμούς της αλλοδαπής, ευρωπαϊκούς και διεθνείς φορείς και οργανισμούς, καθώς και αναγνωρισμένους
επιστημονικούς φορείς και ενώσεις που λειτουργούν υπό τη μορφή νομικού προσώπου δημοσίου δικαίου. Δεν επιτρέπεται η σύμπραξη με εκπαιδευτικούς φορείς μη τυπικής μεταλυκειακής εκπαίδευσης του ν. 3696/2008 (Α’ 177). Σε περίπτωση συμπράξεων με φορείς που δεν παρέχουν ισότιμη εκπαίδευση και ισότιμα πτυχία με
τα Α.Ε.Ι., η ακαδημαϊκή λειτουργία του Π.Μ.Σ. ανήκει αποκλειστικά στο Ε.Α.Π.
δ) Κοινά Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών, σε συνεργασία με ιδρύματα και ερευνητικούς οργανισμούς της αλλοδαπής, με ευρωπαϊκούς και διεθνείς φορείς και οργανισμούς.
ε) Επαγγελματικά Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών σε συγκεκριμένο γνωστικό αντικείμενο που θεραπεύει η Σχολή με σκοπό την παροχή τυπικής εκπαίδευσης μεταπτυχιακού επιπέδου αποκλειστικά προς το προσωπικό φορέων του ιδιωτικού ή δημόσιου τομέα, στο πλαίσιο υλοποίησης σύμβασης ή προγραμματικής συμφωνίας του Ε.Α.Π. με φορέα του ιδιωτικού ή δημόσιου τομέα, που αναλαμβάνει τη χρηματοδότηση της οργάνωσης και λειτουργίας του Π.Μ.Σ.